近年，医疗反腐高压之下，全国多地税务局也随之开展对医药企业的重点稽查，发布2023年重点稽查对象随机抽查对象名单，医药行业多家企业被列入稽查名单中。随着稽查案件的公布，医药行业主要涉税风险也暴漏出来。
（一）通过虚开、挂往来虚列成本，虚增咨询、会议等费用方式
有的医药公司虚构采购对象及成本，或是利用管理费用科目，虚列离职员工工资等，企图达到少缴税款的不法目。此外，有的医药企业还以销售“咨询费”为名，将业务佣金超额税前列支，通过虚增销售费用的方式，逃避缴纳税款逾千万。一些医药企业将目光投向医药咨询服务公司。医药制造公司通过接受此类医药企业虚开的以咨询、会议服务费发票虚列成本，达到少缴纳企业所得税、增值税或为套取现金目的。
不管是何种发票，其主要功能是可以作为企业所得税的成本在税 前扣除，从而降低企业的企业所得税税负，增加企业的利润。医药企业可能与相关企业签订虚假的营销、广告、咨询、策划、会议等合同，但并不实际履行这些合同，而是走账后将资金回流，同时以支付开票费等方式取得发票。
税务机关往往会利用征管软件、涉税信息大数据管理平台等分析工具，对企业申报数据、涉税信息等进行风险疑点综合分析企业财务数据，分析比对销售额、营业利润、企业所得税的缴纳情况等，是否存在销售费用率、应付账款等异常情况，以此研判医药企业是否存在偷逃税款的嫌疑。
（二）取得虚开的专票或农产品收购发票抵扣进项
有些制药企业，特别是经营范围包含中成药、中药饮片、中药材的药企为了弥补进项不足，还存在虚假制作农产品收购凭证，并为自己虚开农产品收购发票的现象。这些行为都面临被追究虚开增值税专用发票行政责任乃至刑事责任的风险。
在经营范围内有中药材、中成药、中药饮片的医药公司，通过虚构农产品收购发票、伪造农户身份信息，在税务机关领取《农产品收购发票》自开自抵，由于农产品收购发票申领环节税局审查较为宽松，违法成本低。税务机关可以通过测算农产品收购进项税额占所有进项税额的比例，判断制药企业是否存在虚开农产品收购发票、虚增进项的问题，从而通过稽查移交公安。
企业的虚开发票风险，还容易受到上游药材贸易公司的牵连，若上游药材贸易公司涉嫌虚开，下游受票企业则也会受到牵连。
（三）不带票销售后将富裕票对外虚开给第三方
有些直接面向消费者销售药物的药房、药店，因为消费者通常不索要发票，这些药房、药店在向医药企业购买药品时，也不索要发票，使得医药经销企业存有富余票。部分医药经销企业为了赚取开票费，不惜触碰法律红线，通过伪造医药销货清单等手段，对外开具虚假的增值税专用发票。也有一些原料药企业与下游的医药生产企业串谋，由原料药企业向医药企业虚开增值税专用发票，帮助医药企业套取资金用于行贿或偷逃税款。
因此医药企业应当就自身涉税业务进行全方面税务健康大检查， 如果在自查阶段发现问题，应当及时进行补救，请专业的财务公司对自身业务进行合规性审查，及早发现问题，积极采取补救措施，避免被税务稽查后被行政处罚，乃至涉税违法行为被移送公安刑事立案侦查。